秦始皇即位后，派蒙恬率兵出击匈奴，还把战国时秦、赵、燕三国北边的长城连结起来，修筑西起临洮，东至辽东的万里长城。始皇三十七年， 秦始皇病死。秦二世胡亥即位后不久，即爆发陈胜、吴广领导的农民大起义。秦王子婴（史称秦三世）即位46天后，秦朝灭亡。
仗剑英雄，侠义少年，邀君共赴江湖游。 千重机关，万阙迷岭，快意恩仇续前缘。主人公同名士侠隐仗剑游走江湖，于时代变革的乱世之中经历了亲情、友情、爱情的沧桑变幻、悲喜轮回，最终成为了终结这个时代、开创新纪元的决定性力量，也堪称是一段浪漫辉煌的中国式武侠传奇。
原来刺中盖聂的是逆流沙易容高手黑麒麟。盖聂带伤和卫庄比武赢了，但渊虹断了。盖聂用断剑指着卫庄的脖子，但卫庄暗箭伤人，在说话的时候给了盖聂一剑，盖聂倒下了。卫庄抓住天明，并以天明作赌注，大铁锤、小高、雪女与逆流沙三大高手——机关无双、白凤、赤练展开对决，对决中墨家的各位首领都回忆起了自己的往事，其中雪女回忆起与小高相识相知的经历，大铁锤回忆起以前捍卫燕国和燕国兄弟并进入墨家的过程，小高回忆起自己与旷修、荆轲（天明的父亲）相识的经历。最终少羽救回天明，此时墨家巨子现身，令人惊讶的是，巨子竟是月儿的父亲燕太子丹。巨子打败了受伤的卫庄。接着又让卫庄一行人走。然而巨子因大司命的六魂恐咒而死，临终传位于天明，并下令启动青龙，机关城垮塌，墨家六个首领携墨家弟子踏上逃亡之路，一路上障碍重重，几位首领一度质疑天明的巨子地位，幸而最终领悟了前巨子的用意。天明、少羽等人伪装混入桑海，与同为墨家弟子的庖丁会面，并认识店中女扮男装的少女石兰。庖丁身为儒家主厨，与儒家弟子甚为熟络，在张良帮助下，天明、少羽进入儒家。
自从机关城崩塌，墨家抵抗势力几乎被全部清除。秦帝国又回到太平盛世的迷梦中……咸阳宫中的嬴政一边动用无数劳工营造万里长城，一边进行着一些更为精密的计划。现在这个计划已经接近完成，由阴阳家协助完成的巨艇“蜃楼”已经建造完毕。它壮丽精绝的身姿浮现海平面彼端，宛如人人梦想中的海上仙山。为了解开巨艇“蜃楼”的疑团，各家各派势力慢慢汇聚到这座平静的海边小城。此时，故事主角天明和少羽为了避开秦兵追捕，正在儒家庄园学习和生活。而接下来各种奇异事件在此地发生，小城的平静也被完全打破。所有的生死仇，家国恨，都将在那个时刻凝结。所有人的目光，都将在那个地点汇聚！ 芸芸众生不过是一块块城砖，用来铸造帝国的万里长城。
《秦时明月之君临天下》是国产大型3D动画《秦时明月》的第五部。继续之前的剧情，第五部中，将会讲述蒙恬出击匈奴、秦皇东巡、焚书坑儒、蜃楼东渡……等一系列历史故事。
